Да, если есть основания полагать, что решение налогового органа незаконно или выводы ФНС можно обоснованно оспорить.
Сам факт вынесения решения ещё не означает, что спор проигран. Но прежде чем обращаться в суд, необходимо оценить перспективы дела: изучить решение налоговой, доказательства, документы компании и судебную практику по аналогичным вопросам.
Идти в суд имеет смысл не просто потому, что вы не согласны с налоговой, а когда есть юридически выстроенная позиция и доказательства в её подтверждение.
В практике налоговых споров встречаются ситуации, когда суды признавали решения налоговых органов незаконными и защищали позицию налогоплательщиков.